結局・・・

パーサー書くのは諦めたようで、

式入力
　↓
式をmaximaかreduceなど、問題ないフリーソフトに渡して、
処理を行う。
　↓
元のものに値を返す。

という一番楽な方法で落ち着きそうです。
ですが、工学の人全員がこんな、ある意味アウトローみないな方法で計算できることは
知らないらしく・・・
（制御とか数値計算で計算ソフト使っている人間だけが、
　普通に行うような技術）

赤字のところは私がいろいろ口出してやるような感じです。
（やったことないですが、どうにかなるでしょう）
LinuxとかMacなら
　http://www.cymric.jp/maxima/tips.html
に従えば、簡単にできそうですが、windowsだとどうするのかしら？

まぁ、ベースでかく言語を聞いてないので聞いてからでしょう。